Проблема состоит в неоднократном перегорании высоковольтного предохранителя что...

Высоковольтный предохранитель стоит между трансформатором и диодом, нагрузкой которого является магнетрон, больше там ничего нет. Вывод такой, проблема в нагрузке, во время работы происходит замыкание магнетрона или пробивается высоковольтный демпфирующий диод, но может быть проблема в схеме, скажем на вход трансформатора проходят помехи, которые на выходе трансформатора превращаются в запредельные всплески напряжения, вызывающие перегорание указанного предохранителя.