Как отсканировать несколько листов в один документ?

Сканируете, можно сразу в pdf, а потом в проге Adobe Acrobat Pro делаете слияние всех. Это очень платная программулька, но мы в Пиратии живём.

Можно отсканировать отдельные pdf, а потом воспользоваться нашим сервисом объединения https://ru.inettools.net/merge/obyedinit-pdf

в один файл

Надо же. Уже и он-лайновая есть. А я нашёл ломалку он-лайновую, защиту у файлов pdf убирает. От редактирования и сохранения в вордовые файлы.