При сканировании документов в pdf нельзя в один файл несколько листов отсканиров...

Начнем с того, что штатной программы для сканирования с этим устройством не идет. Значит вы скорее всего либо используете штатное от windows, либо стороннее, которое не может сканировать в один файл. Значит просто попробуйте другое приложение для сканирования, которое это может.