Как сканировать много листов чтобы на выходе был один документ на все листы?

Этолучше всего через программу Fine Reader делать.

Там есть такие опции при сохранении в pdf "сохранить все листы в один файл"

В принципе, и в драйвере сканера должен быть такой флажок (непрерывное сканирование). Картинки в один файл не сохранить.