Если в слове м2 установлен ssd отключаются ли порты sata 3 1 и sata 3 2

M.2 SSD накопитель работает отдельно от контроллера SATA накопителей и никак с ними не связан. Кроме того, из-за этого SATA накопители могут работать в RAID наборе, а M.2 в него включить не получится. Обычно на подобных платах проблем с накопителями не бывает, следует только не превышать предельный допустимый адресуемый общий объём накопителей.