Не работают 2 порта usb 3 0 на материнке это брак или может быть что-то другое...

Под Виндой надо драйвера поставить. Даже 10-ка часто не понимает USB-3. Не говоря уж про 7-ку. Если грузиться надо с флехи, чтобы Винду поставить, то лучше в USB-2 воткнуть. На загрузке не все мамки могут с USB-3 работать. Короче. Без драйверов работать не будет. Дрова на сайте производителя, раздел -поддержка-. С Линуксом там отдельная грусть.