Возможно ли после включения автозапуска двигателя снять тс с сигнализации не заг...

Это зависит от того, какая машина и какой способен подключения.

На автомобилях с кнопкой старт-стоп в 90% надо глушить двигатель при завершении автозапуска принудительно.

Это связано с алгоритмами управления электроникой бортовыми системами автомобиля.

Проще говоря, чтоб всё работало как надо, передать управление не возможно без остановки.