В основном у нас включено 1 и 2 бывает зябко в помещении и мы включаем на 3 стан...

А у вас задатчики температуры воздуха и воды что в этот момент показывают?
Если температура дошла до максимальной уставки, то видимо настройка электроники в БУ выполнена так, что на третьей ступени это работает именно так. ИМХО.

Датчик воды выставлен на 60-70град, а воздух на 27-50, где-то так.

Третья ступень добавляет мощности нагрева теплоносителя и соответственно воздуха в помещении.
Поэтому чаще включается и выключается достигнув заданных пределов.
У меня старый котел (твердотопливный плюс электричество), и когда работает ночью электрообогрев, вода не нагревается свыше 55С и воздух 23С (ТЭН 6 кВт 380В), поэтому автоматика мне стала не нужна, я включаю все вручную и только на ночь (днем топлю дровами и углем).
Где-то так.

То есть получается, что когда он выключается и включается через пару секунд это нормально?

Рискну предположить, что это нормально для той системы автоматического управления которая реализована в Вашем случае. Другой вариант, как мне видится, проверки в этом случае - это изменить параметры нагрева теплоносителя в большую сторону и окружающего воздуха в большую сторону. Тогда, на мой взгляд, частные включения-выключения должны стать с бОльшим промежутком времени. ИМХО.

А как вообще правильно выставлять параметры вода/воздух? По логике получается, что, если выставить воду 40, а воздух 30, то это на 2 будет очень долго греть или вообще не нагреется. Или это ни так? А про повысить параметры на 3ке - так жарко же будет сильно.

Просто на Вашем устройстве нужно поэкспериментировать и посмотреть как и с какими параметрами все работает при различных регулировках температуры теплоносителя и воздуха. И выбрать самый оптимальный для себя. ИМХО.

Спасибо большое! Попробуем поэкспериментировать)